Soixante laboratoires de recherche et 2 200 chercheurs, enseignants-chercheurs et doctorants, mènent en Auvergne des travaux de recherche dans les domaines les plus variés.

Nombre de ces projets de recherche sont coordonnés au sein d'axes inscrits au contrat de plan et définis sur cinq thématiques prioritaires et deux pôles d’excellence :

• Axe santé et nutrition humaine : à noter dans ce cadre les travaux du Centre de recherche en nutrition humaine (CRNH) et la thématique santé humaine, rassemblée dans l'Institut fédératif de recherche santé Auvergne ;
• Axe qualité des aliments, chimie : toute la chaîne agroalimentaire de la sélection génétique des espèces à la consommation finale en passant par les étapes de production et de transformation ; à noter dans ce cadre les travaux de l’Enita ;
• Axe chimie des transformations et durabilité des matériaux polymères : molécules bioactives et biocatalyseurs, environnement, devenir et élimination des polluants, nanomatériaux, durabilité des matériaux polymères ;
• Axe machines performantes et intelligentes : travaux de recherche dans la mécanique, l'électronique, l'automatique-robotique et l'informatique ; à noter dans ce cadre  les travaux du Lasmea ;
• Axe territoires ruraux sensibles au niveau Massif central : compétences en sciences du vivant et en sciences humaines afin de développer des territoires situés loin des pôles urbains, en vue de l'aide à la décision publique ; à noter dans ce cadre les travaux de l’Enita ;
• Pôle en physique corpusculaire : à noter les travaux du Laboratoire de physique corpusculaire ;
• Pôle en volcanologie.

En Auvergne, les études du troisième cycle universitaire sont coordonnées par cinq écoles doctorales incluant plusieurs laboratoires chacune et représentant l'un des secteurs disciplinaires suivants : sciences juridiques et de gestion, sciences de la vie et de la santé, sciences fondamentales, sciences pour l'ingénieur, lettres et sciences humaines et sociales. 

Il est à noter que plus de 36 % des thèses sont soutenues en sciences de la vie et de la santé et environ 31 % en sciences fondamentales. Ces deux grands secteurs disciplinaires concentrent également plus des trois quarts des équipes susceptibles d'accueillir des doctorants.